Iako trenutno Bayer Leverkusen važi za klub koji se bori za sredinu tabele u Bundesligi, te su daleko od najozbiljnijih ekipa u ligi i borbe za mjesto u Ligi prvaka, to nije bio slučaj početkom ovog stoljeća. Krajem 90-ih i početkom 00-tih, ‘Apotekari’ su bili velika prijetnja gigantu iz Bavarije, a iako su čak četiri puta završavali na drugom mjestu, u tom periodu niti jednom nisu uspjeli osvojiti svoju prvu titulu prvaka Njemačke.
Ipak, daleko impresivnija stvar od njihovog sjajnog učinka u ligi tih godina bio je njihov nevjerovatan nastup u Ligi prvaka tokom sezone 2001/02, kada su privukli pažnju cijele nogometne javnosti. Naime, te sezone tim Klausa Toppmollera je u posljednja tri kola u ligi prosuo prednost od pet bodova, te završio na drugom mjestu iza Borussije Dortmund, a također su bili jako blizu i osvajanja titule prvaka Europe.
Nakon što su u prvoj grupnoj fazi završili na drugom mjestu iza Barcelone, u narednoj fazi natjecanja su osvojili prvo mjesto u grupi u kojoj su još bili Deportivo la Coruna, Arsenal i Juventus. Zatim, u četvrtfinalu su slavili protiv Liverpoola, da bi u polufinalu iz takmičenja izbacili još jednog engleskog velikana Manchester United. U finalu najelitnijeg europskog nogometnog natjecanja su odmjerili snage sa Real Madridom u Glasgowu. Ta utakmica je ostala najpoznatija po majstoriji Zinedinea Zidanea, koji je postigao po mišljenju mnogih možda i najbolji gol u povijesti natjecanja za veliku pobjedu.